Defining Functionally Relevant Spatial Chromatin Domains: It is a TAD Complicated- Natalia Sikorska, Thomas Sexton - février 2020

Mise en ligne le 5 février 2022
Mots clefs : Genome organization, gene expression, topologically associated domains (TADs), loop extrusion model, gene expression, CTCF, enhancer,

ChiCMaxima: a robust and simple pipeline for detection and visualization of chromatin looping in Capture Hi-C- Ben Zouari Y, Molitor AM, Sikorska N, Pancaldi V, Sexton T. - mai 2019

Mise en ligne le 5 février 2022
Mots clefs : Promoter-enhancer interactions, Chromatin loops, Capture Hi-C, Biological replicates, Gene regulation, Chromatin assortativity

RNA degradation by the plant RNA exosome involves both phosphorolytic and hydrolytic activities Natalia Sikorska, Hélène Zuber, Anthony Gobert, Heike Lange & Dominique Gagliardi - décembre 2017

Mise en ligne le 5 février 2022
Mots clefs : RNA exosome, Arabidopsis thaliana, EXO9, phosphorolytic exoribonuclease, ribosomal RNA maturation

The phosphorolytic activity of the exosome core complex contributes to rRNA maturation in Arabidopsis thaliana par Natalia Sikorska - septembre 2016

Mise en ligne le 5 février 2022
Mots clefs : Dégradation des ARNs, Exosome, EXO9, Exoribonucléase phosphorolytique, Arabidopsis thaliana, ARN ribosomiques-Métabolisme,Transcription génétique, Arabidopsis thaliana, Exoribonucleases

Limited ER quality control for GPI-anchored proteins. Sikorska N, Lemus L, Aguilera-Romero A, Manzano-Lopez J, Riezman H, Muñiz M, Goder V. - juin 2016

Mise en ligne le 5 février 2022
Mots clefs : Protein maturation, Endoplasmic reticulum (ER), ER-associated degradation (ERAD), glycophosphatidylinositol-anchored proteins (GPI-APs)

An ER-Localized SNARE Protein Is Exported in Specific COPII Vesicles for Autophagosome Biogenesis- Leticia Lemus, Juan Luis Ribas, Natalia Sikorska, Veit Goder - février 2016

Mise en ligne le 5 février 2022
Mots clefs : autophagy, Saccharomyces cerevisiae, endoplasmic reticulum (ER), SNARE proteins, Ufe1, starvation, COPII

High-Resolution Mapping of 3’ Extremities of RNA Exosome Substrates by 3’ RACE-Seq Scheer H, De Almeida C, Sikorska N, Koechler S, Gagliardi D, Zuber H. - décembre 1999

Mise en ligne le 5 février 2022
Mots clefs : 3′ Adapter ligation; 3′ RACE-seq; Exosome; Illumina sequencing; MiSeq; Rapid amplification of cDNA 3′ end; Untemplated nucleotides; rRNA maturation

Transcriptional regulation and chromatin architecture maintenance are decoupled functions at the Sox2 locus - décembre 1999

Mise en ligne le 20 juin 2022
Mots clefs : CTCF; TAD; allele-specific; chromatin loop; enhancer; genome engineering; transcription.